熊本県で震度7を観測した地震で、29日も九州各地の交通に影響が出た。全線で運休していた九州新幹線は同日午後5時ごろから博多―筑後船小屋(福岡県筑後市)間で本数を減らして運転を再開。筑後船小屋―熊本間は30日中に運転再開を目指す。熊本―鹿児島中央間は被害の全容がつかめておらず、再開の見通しは立っていない。
JR九州は29日、人的被害について、九州新幹線の車内や新八代駅の駅舎で、計13人がけがをし、5人が救急搬送されたと28日に発表していたが、実際はけが人は計12人で救急搬送されたのは6人だったと訂正した。
九州新幹線の運休に伴い、日航は29日午後、福岡―鹿児島間を往復する臨時便を4便運航。30、31日も臨時便を飛ばす。29日の熊本空港発着便については日航は11便、全日空は2便を欠航した。
熊本港では、長崎県島原市と結ぶフェリーで使う渡橋が損傷し、使用できなくなった。
地震の影響で変形した道路=29日午前8時31分、熊本県氷川町